En el ámbito ecológico el principal impacto de las invasiones biológicas es la pérdida de biodiversidad. La introducción de una especie exótica puede alterar la abundancia de las especies e incluso causar la extinción local de algunas especies nativas contribuyendo de esta manera a la homogeneización del paisaje. Se calcula que el 80% de las especies en peligro de todo el mundo corren el riesgo de sufrir gravemente por competición o predación causadas por especies invasoras.
Cuando especies generalistas y adaptables entran en ecosistemas que han sido modificados por los seres humanos las especies nativas se encuentran en desventaja para sobrevivir mientras otras especies prosperan. Las islas y los lagos son extremadamente sensibles a este fenómeno ya que al ser ecosistemas de pequeño tamaño sus especies son más vulnerables.
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