1.-Contaminación por nitrógeno y fósforo en ríos, lagos y aguas subterráneas
2.-Erosión del terreno.
3.-Agotamiento de minerales del suelo.
4.-Salinización del suelo en zonas secas.
5.-Contaminación por residuos de pesticidas del suelo, agua y aire.
6.-Causar desequilibrios en la biota por el uso indiscrimidado de pesticidas.
7.-Competencia entre los agrocombustibles y la alimentación.
Muchos de estos problemas van agotando y desertizando el suelo, obligando a abandonar unos terrenos para arar otros nuevos que, a su vez, se agotan, creando un círculo vicioso que va destruyendo el entorno. Un ejemplo claro es la progresiva deforestación de la selva del Amazonas.